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2.6へのアップグレードの不具合はパーマリンクに関するものだった。
wordpress 2.6にパーマリンク関連のバグ
このリンク先にある、
2.6 Permalink issues with “index.php”
によると、2.6.1で修正とのこと。本家サイトを見たら2.6.1がリリースされていた。日本語版はまだのようだけど、とりあえず、本家の2.6.1にアップグレードしたら、ちゃんと個別記事やアーカイブが開けるようになった。